Строительство церкви в XII веке финансировалось гильдией мясников («бушри» — лавка мясника). Церковь обладала мощами Святого Иакова Зеведеева и служила местом сбора паломников, следовавших по пути Святого Иакова к конечному пункту — гробнице апостола Иакова в Сантьяго-де-Компостела в Испании. Церковь перестраивалась в XVI веке, поменяв стиль с романского на готический, тогда же к ней была пристроена колокольня — нынешняя башня Сен-Жак.
В 1406 году Карл VI разрешил братству мясником основать в церкви часовню в честь Рождества Христова. Она была освящена епископом Турина 24 марта 1414-го года. В XIV и XVI веках церковь расширяли.
До 1762-го года в церкви хоронили большое количество людей. В крипте церкви был похоронен знаменитый алхимик Николя Фламель.
В 1648 г. французский учёный Блез Паскаль проводил на башне Сен-Жак замеры атмосферного давления.
Французы почтили память Паскаля, установив ему в башне статую; также в нишах башни сохранились 19 статуй разных святых. С 1981 г. на башне и в сквере установлена метеостанция.
Церковь, объявленная народной собственностью, была продана революционным правительством и разобрана на доходный товар — камни — в 1797 г. Колокольня была сдана в аренду мастеру для отлива охотничьей дроби: расплавленный свинец, падая с 50-ти метровой высоты через специальную решётку, застывал маленькими шариками в подставленных бочках с водой.
